ชาร์เลเนอ ไฮเนอเกิน เกิดเมื่อวันที่ 30 มิถุนายน ค.ศ. 1954 เป็นบุตรสาวของนายเฟร็ดดี้ ไฮเนอเกิน นักอุตสาหกรรมเบียร์ชาวดัตช์และลูซิลล์ คุมมินส์ ชาวอเมริกันจากรัฐเคนทักกี ครอบครัวผู้ผลิตเบอร์เบินวิสกี้ (Bourbon whiskey) จบการศึกษาจากโรงเรียนมูลนิธิไรน์ลันด์ส ลีเซอุม ในเดอะเฮกก่อนจะศึกษาต่อระดับปริญญาตรีจนสำเร็จการศึกษาจากมหาวิทยาลัยไลเดิน[2]

ชาร์เลเนอแต่งงานกับมีแกล จี การ์วัลยู ชาวอังกฤษเชื้อสายบราซิล นักการเงินและผู้อำนวยการของซิตีกรุ๊ป โดยพบกันครั้งแรกที่รีสอร์ตสกีแห่งหนึ่งในสวิตเซอร์แลนด์[3] มิเกลกลายเป็นที่ปรึกษาคนหนึ่งของบริษัทไฮเนอเกินในเวลาต่อมา ทั้งคู่อาศัยอยู่ในลอนดอน ประเทศอังกฤษและมีบุตรด้วยกัน 5 คน